方向一：台商文化价值认同与两岸社会融合研究
该方向学术带头人为林晓峰书记，邓文金教授
台商作为当代中国最具影响力的商业团队之一，深受传统儒家文化和海商文化的影响。作为台商文化的渊源，儒家“仁、义、礼、智、信”，体现于台商文化的伦理关系之中。而古越文明、闽南拼搏开拓和冒险犯难交织的两面移民拓殖性格、边缘心态和心理敏感也是众所周知的台湾民众的文化特色,并成为他们得以运用、操作，有利于生存的手段。
台商文化认同与台商文化价值认同一样，都可以使台商产生强烈的“自己人效应”。所不同的是，台商文化价值认同比台商文化认同有更强烈的情感因素、更深刻的理性思考、更主动的践行。台商文化认同只能使两岸产生我们五百年前是一家的血缘联想，台商价值认同却能使台商产生我们可以生活在一起的政治联想。两岸文化交流有着心灵对话与情感沟通的重要作用，是两岸社会融合的重要桥梁。两岸文化交流的终极价值是在弘扬中华传统文化的基础上，逐步形塑出两岸新的文化认同，结成促进两岸全面融合的新的文化纽带，以增强民族意识、凝聚共同意志，形成共谋中华民族伟大复兴的精神力量。助推台商文化认同走向价值观的整合，促进台商与中华文化价值的融合与认同，实现两岸和平统一。
本研究方向从文化社会学视角，全面系统的分析台商群体文化心理及经营伦理差异，从中发掘台商文化认同特质，立足于两岸传统文化共同性，进而找寻阻碍实现台商文化价值认同实现的关键结点，探寻台商文化价值认同养成路径，助推全方位、多层次、机制化的合作格局的出现。
方向二：南台湾经济研究
该方向学术带头人为李鸿阶研究员 侯曙光教授
以农业、传统产业与重化工业为主体的南台湾经济结构与以闽南人、农民、产业工人为主体的南台湾社会结构（南台湾以浊水溪为界，包括高雄市、台南市、屏东县、嘉义县、嘉义市、云林县），对南台湾“蓝弱绿强”政治结构与政治生态、对重大选举、对台湾当局的执政决策、对南台湾与大陆的互动及两岸关系发展均有重要影响。
本方向侧重于研究南台湾经济社会结构和台湾政治生态与政治发展走向研究；南台湾经济社会结构与台湾当局岛内施政决策相关性分析；南台湾经济发展现况、问题与趋向研究；南台湾经济发展与ECFA深化背景下两岸产业合作研究和南台湾经济社会结构对两岸经济新局开辟的影响与对策等问题。
方向三：台商发展与转移规律研究
该方向学术带头人为张惠萍教授、博士 陈春华副教授、博士
本研究方向正视台商在两岸政治、经济、社会与合作交融进程中重要的桥梁和纽带作用，立足于两岸合作交融实际，在学界开创性的解读台商，系统研究台商产生与发展规律，着眼于正确的评价台商的全球拓展力与两岸融合发展的胶合力；从全面认知台商企业入手，着眼于研究台商转移规律和分布规律，助力中国大陆现代化进程等重大理论和实际问题研究。
方向四：台商投资年度分析与前瞻
该方向学术带头人为李非教授 吴凤娇博士、副教授
截至2013年7月底，大陆累计批准台资项目8.9万项，金额584.66亿美元。如加上经第三地转投资，台商在大陆投资将近1100亿美元。从贸易看，台湾是大陆第七大贸易伙伴和第四大进口来源地，大陆是台湾最大的出口市场和贸易顺差来源地。台商大陆投资不仅促进了大陆的经济增长，扩大了就业，也为大陆的贸易增长、产业结构调整等作出了重大贡献，在大陆开创性的研究和发布《台商投资年度报告》意义重大。本方向拟从台商投资总量、投资结构、投资绩效、环境体系、重点台资企业投资与动态分析等几个方面详细分析介绍大陆台商投资年度状况与预测，为政府决策和台商企业发展提供策略支持。
方向五：ECFA深化背景下两岸产业分工合作研究
该方向学术带头人为陈丽丽教授 方志坚博士 讲座教授
本方向主要集中于研究ECFA深化背景下两岸制造业、农业、战略性新兴产业领域等领域合作与交融，助推大陆传统产业向现代产业转型。
在制造业方面：专注于研究后ECFA时代大陆承接台湾先进制造业转移，实现产业转型升级的对策。一研究台商制造业投资产业转型升级问题。二研究陆资与台资产业创新能力和政府支持力度；三研究两岸全面的产业合作和金融支持，探索两岸企业的战略联盟路径。
在农业方面：一主要集中于研究两岸农业资源配置、产业发展、产品市场及政策制度一体化框架，推动两岸农业经济一体化进程；正视大陆农业投资先天不足事实，研究进一步引入台商涉农资本和技术等现代农业要素的体制机制保障，以提高农业国际竞争力及抗市场风险能力；三系统地总结并反思台商对大陆农业的投资，结合国际投资相关理论解析台商投资大陆农业的影响因素和经济效应，提出引进农业台资的新政策措建议。
在战略性新兴产业方面：一探索在互信的基础上建立两岸新的“竞合”关系，共同应对国际竞争，抢占全球战略性新兴产业的至高点。二研究新的合作模式，为两岸共同加强研发，共同发展两岸技术标准、共同打造产品品牌，共同推动产业升级，共同拓展新兴市场建言献策。三针对ECFA第六条“经济合作”项目协商一致的相关规定，根据两岸战略性新兴产业之长期发展需求，为战略性新兴产业发展提供中长期发展思路和相关运作机制。